A Felvidéken, Breznóbányán született 1835-ben. Tizenkét esztendős volt, amikor orvos apját Diósgyőrbe helyezték, így Miskolcon folytatta tanulmányait. Harcolni akart a szabadságharcban, de ifjú kora miatt (13 éves) hazaküldték. Egy középfülgyulladás miatt halláskárosodást szenvedett, emiatt társai gúnyolták, ezért is hagyta abba tanulmányait és lett inas egy lakatosműhelyben.
Aztán Korompárra került, itt már kiderült róla, hogy szinte mindent tud a madarakról. Tovább Bécsben tanult, de a család nehéz anyagi helyzete miatt dolgoznia kellett, miközben állandóan tanulmányozta a rovarok, a bogarak, a madarak, a pókok életét. Ezeket rajzolta, elemezte, míg a kor egyik természettudósa, Karl Brunner fel nem figyelt rá. Az ő könyveit illusztrálta Herman Ottó, cserébe pedig Brunner tanította a jóeszű fiút.
.
Ezután katonai behívót kapott, de amiért a sorozáson nem jelent meg, 12 év hadiszolgálatra osztották be. 5 év múlva süketsége miatt leszerelték. 28 éves koráig katonáskodott még a császári seregek és a cári hadak ellen, majd Kőszegen fotográfus céget alapított. Az üzlet nem ment túl jól, ezért állatok preparálásával kezdett foglalkozni. Az egyik műkedvelő ornitológus földesúr felfigyelt rá, így 30 évesen Kolozsvárott, az Erdélyi Múzeum tudományos munkatársa lett. Sokat tanult, még többet dolgozott. 1871-ben otthagyta a múzeumot, politikai újságírásba kezdett, udvarolt Jászai Marinak, majd 1873-ban ismét Bécs felé vette útját.
.
Itt megbízást kapott a hazai pókfauna feltérképezésére és leírására. Három kötetből álló művével hírnevet szerzett magának. 1875-ben iparkiállítást szervezett, szorgalmazta a hazai kendertermesztést, és a Magyar Nemzeti Múzeum állattárában tisztviselő lett. 1879-ben Szeged városának, később Miskolcnak, majd Törökszentmiklósnak volt a parlamenti képviselője. Ismét a Nemzeti Múzeumnak dolgozott: az ősi foglalkozásokat - a halászatot, a pákászatot, a pásztorkodást - kezdte feltérképezni.
.
1885-ben hónapokig betegeskedett, ennek köszönhetően ismerkedett meg Borosnyai Kamillával, akit még ebben az évben feleségül is vett. 1888-ban már újra úton volt: Norvégiába utazott madarakat tanulmányozni. Hatalmas anyaggal tért haza. Újra parlamenti képviselő lett, kétszer találkozott Kossuthtal is. Ekkortájt írta jelentős műveinek nagy részét. 1891-ben nemzetközi ornitológus kongresszust szervezett. 1894-ben madártani szakfolyóiratot indított Aquilla címmel. Közben járta a puszta világát, bejárta Bugacot, a Nagykunságot, a Bakonyt, Somogy vidékét, Erdélyt. Tárgyakat, preparált állatokat is gyűjtött, mindent feljegyzett. 1896-ban a millenniumon nagysikerű kiállítást rendezett, ami 1900-ban Párizsba is kijutott. 1891-ben Hámoron őskori leletek kerültek a kezébe, itt támogatás híján saját szakállára végzett ásatásokat. A tudósok őt igazolták: ősember nyomait fedezte fel! Élete utolsó éveiben sem pihent, folyamatosan jelentek meg művei. 1914-ben, 75 évesen elütötte egy lovasszekér, a sok fekvés miatt tüdőgyulladást kapott, és meghalt.
.
Nevét örökre beírta a nagy magyar tudósok közé. Talán ő volt az utolsó magyar polihisztor. Művei kisebb könyvtárat töltenének meg. Olyan tudományágakban alkotott alapműveket, mint a hazai ősrégészet, a néprajz, a nyelvészet, a természettudomány, az ornitológia, a környezetvédelem, a szőlőtermesztés, az ipari kender termesztés, a tudományos ismeretterjesztés.
Herman Ottó főbb művei:
1. Falco subbuteo Linné. (A kabasólyomról szóló első írása). Erdélyi Múzeum Egylet évkönyvei. III. 1864-65
2. Reliquia Petényiana. 1879.
3. Magyarország pók-faunája I-III. 1876-1879.
4. Természetrajzi füzetek címmel szaklapot indít 1877-ben, szerkeszti 1886-ig.
5. Ősi nyomok a magyar népies halászatban. Bp. 1885.
6. A magyar halászat könyve. Bp. 1887. I /MezőgazdaságErdészet, vadászat, halászat (halászat, halak)/
II. /Mezőgazdaság, élelmiszeripar/Erdészet, vadászat, halászat (halászat, hal, néprajz)/
7. A halgazdaság rövid foglalatja. Bp. 1888.
8. Petényi János Salamon. Bp. 1891.
9. Az északi madárhegyek tájáról. 1893.
10. Aquila címmel madártani lapot indít, 1893-tól haláláig szerkeszti. Ma is megjelenő lap
11. A madárvonulás elemei Magyarországon. Bp. 1895.
12. Az ősfoglalkozások. Halászat és pásztorélet. Bp. 1898.
13. A magyar ősfoglalkozások köréből. Bp. 1899.
14. A madarak hasznáról és káráról. Bp. 1901-től több kiadást is megért.
15. A magyar nép arca és jelleme. Bp. 1902.
16. A madarak és fák napja Magyarországon. Bp. 1906.
17. Az 1902. évi nemzetközi madárvédelmi egyezmény és Magyarország. Bp. 1907.
18. A magyarok nagy ősfoglalkozása. Előtanulmányok. Bp. 1909.
19. A magyar pásztorok nyelvkincse. Bp. 1914.
20. Természeti képek. Bp. 1959.
21. Az átalakulások világáról - Válogatás Herman Ottó természettudományos, nyelvészeti és archeológiai írásaiból
22. Arany, Tompa, Petőfi és a népköltés madárvilága